Per rendere un gioco interattivo occorre programmarne la logica usando degli script: uno script è un mini-programma con istruzioni da eseguire al verificarsi di determinate condizioni.
GDScript è il linguaggio di programmazione ideato dagli autori di Godot, ottimizzato e strettamente integrato con il game engine. È stato creato allo scopo di aiutare gli utenti a concentrarsi sul motore di gioco stesso, piuttosto che imparare ad integrare codice scritto in altri linguaggi di programmazione (Godot supporta anche altri linguaggi, come C# e C++, soprattutto grazie alla comunity degli sviluppatori). Dal punto di vista della sintassi, GDScript assomiglia moltissimo al linguaggio Python, risultando abbastanza semplice da imparare.